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相对于外资企业，那场内资公司注册存在的主要问题或者说劣势主要在于内外资企业所得税分设存在的主要差异：
1、二者的法律地位不一致。
《中华人民共和国企业所得税暂行条例》是由国务院制定的，属于行政法规；而《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》却是由全国人大制定的，是一部正规的法律。二者的法律地位、效力均不相同，后者要优于前者。税法由于涉及对相关主体财产权利的限制和剥夺，立法机关对其应保持立法权。而行政机关根据授权通过的行政法规有可能导致税收法律法规之间内容上的抵触，并使行政与立法的界限模糊。
2、不符合世界贸易组织的基本原则。
世界贸易组织的基本原则之一是国民待遇原则，其基本含义是外国企业一旦以正常方式进入一国国境内，应享有同该国同类企业在国内税收和法律、法规方面的同等待遇。这一原则的制定主要是为了防止外国企业在一国境内享有的待遇低于该国国内同类产业，但现在的问题是外资企业在我国境内却享受着“超国民待遇”。外资企业不仅在税率上优于内资企业，而且还可以享受减免税的优惠待遇，如对生产性外商投资企业，经营期在10年以上的，从开始获利的年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。这种内外有别而且明显有利于外资企业的规定如长期实施下去对内资企业是极为不利的，也有违吸引外资的初衷。它不仅造成了外资企业对内资企业的挤出效应，而且在利益的驱动下也严重扭曲了企业行为，形形色色的“假合资、假外资”即是其表现。
3、不符合公平竞争原则。
在税制方面外资企业享受着优于内资企业的待遇，反过来就意味着对后者的歧视，这违反了公平竞争的市场经济基本原则。内外资企业承担的税负不公平，企业所得税的实际税负相差10个多百分点，使得内资企业面临着极为不公平的竞争环境，严重影响了内资企业的生存和发展，而且也容易导致内资企业的不满情绪。随着外资企业进入包括服务业在内的我国各经济领域，这种不公平的竞争环境如果不改变，内资企业的生存空间将越来越窄。因为一般来讲，跨国公司和有实力的外资企业在资金、管理、技术等方面，与内资企业比较，大多占有一定的优势，如果在税收政策上继续享受特殊优惠政策，显然会使内资企业处于市场竞争的劣势，内资企业的发展必然受到制约。
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