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商标行政诉讼和因商标注册侵权纠纷引起的民事诉讼看似有着共同点，但两者却有着不同的含义，不可将二者混淆。
一、不同的处理对象
商标行政诉讼是因商标行政争议，即在商标管理过程中被处罚人对工商行政管理机关作出的处罚是否合法和适当而引起的争议；而商标侵权诉讼则是侵权人和被侵权人之间因商标侵权行为引起的民事赔偿争议为对象的。
二、不同的两种诉讼的法律原则和适用程序
商标行政诉必须根据《行政诉讼法》，适用的是民事诉讼程序，而商标侵权诉讼则依据《民事诉讼法》，适用的是民事诉讼程序。行政诉讼中的复议选择原则、诉讼不中止执行原则、有限变更原则等不适用于民事诉讼，民事诉讼中的处分原则、调解原则也不全适用于行政诉讼。
三、不用的当事人在诉讼中地位
商标行政诉讼发生在行政主体和行政相对人，即工商行政管理机关和被行政处罚人之间;前者只能是被告，且没有反诉权，后者永远是原告；商标侵权诉讼双方是平等民事主体，在诉讼中地位平等，享有对等的诉讼权利。
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